Projekt CBP

Clinical Bioinformatics Platform

Ausgangssituation

Die klinische Bioinformatik stellt biologische und medizinische Information für eine individuelle Gesundheitsversorgung zur Verfügung. Dabei werden Lösungen zur Integration von komplexen, heterogenen Daten aus der Genomik, Proteomik und Metabolomik in ein klinisches data-warehouse gestellt. Gesundheitsinformatik, Medizininformatik und Bioinformatik arbeiten immer enger zusammen, um eine integrierte IT-Infrastruktur zu schaffen, welche den hohen Ansprüchen einer modernen medizinischen Forschung gerecht wird.

Die Integration von Daten aus der Genomik, Proteomik und Metabolomik in einem klinischen Umfeld stellt ein gravierendes und aktuelles Problem der biomedizinischen Forschung dar. Gelingt es, die durch neue molekularbiologische Verfahren gewonnenen biologischen Informationen für diagnostische und therapeutische Zwecke zu nutzen, wird die Entwicklung neuer individueller Behandlungsmethoden abgestimmt auf einzelne Patientinnen und Patienten ermöglicht.

Projektziele

In der Phase 1 des Projekts (März 2005 - Februar 2006) wurde im Rahmen des Projekts BIOS die Basis für ein Bioinformatics Competence und Service Center gelegt. So wurde u. a. eine Bedarfserhebung, Konzeptierung und Pilotierung durchgeführt, um in weiterer Folge eine spezifische IT-Infrastruktur und Softwareplattform zu etablieren.


Ziel der Phase 2 (März 2006 - Februar 2009) ist es, die notwendigen Strukturen für eine klinisch orientierte Bioinformatik zu erforschen bzw. zu entwickeln, um mittelfristig die biomedizinische Forschung in die klinische Diagnostik und Behandlung von komplexen Erkrankungen zu integrieren. Um schließlich hochwertige Bioinformatik Dienstleistungen und Produkte für Anwender in der Industrie und in akademischen Einrichtungen anbieten zu können, werden folgende technische Ziele verfolgt:


► Etablierung einer professionellen IT-Infrastruktur, insbesondere im Hinblick auf eine Integration in ein
klinisches Umfeld. Dies erfordert den Einsatz von high-performance Datenbanksystemen und die Implementierung
von Schnittstellen zu bereits vorhandenen Infrastrukturen.

► Einsatz von spezifischen Datenbankstrukturen, welche eine Integration der biologischen Daten in
bestehende medizinische Datenbestände ermöglichen und damit die Basis für den algorithmischen Teil der
Plattform bilden.

► Verwendung eines studienspezifischen Softwaresystems für Bioinformatik-Forschungs-Netzwerke
(BFN) zur Optimierung der Qualität der biomedizinischen Datenerfassung.

► Entwicklung und Integration von intelligenten Auswertungsverfahren für die Interpretation,
Modellbildung und Analyse der biomedizinischen Information. Die CBP soll einerseits standard bioinformatics tools,
als auch spezielle individuelle metabolische und proteomische Auswertungsverfahren integrieren.

► Permanenter Monitoring- und Feedback-Prozess: Die Umsetzung der obigen Ziele wird so früh wie
möglich anhand klinischer Projekte ständig erprobt und optimiert; dies wird durch die enge Einbindung klinischer
und molekularbiologischer Partner erreicht.  

Die Besonderheit des Ansatzes liegt dabei in der klaren Ausrichtung auf die klinische Domäne. Durch die enge Vernetzung mit klinischen und technologischen Partnern am Standort wird die Umsetzung des Projektes so früh wie möglich anhand klinischer Forschungsprojekte ständig erprobt und optimiert.